A part les lémuriens, Madagascar abrite une faune assez particulière de mammifères. Avant tout, il faut remarquer l’absence des grands herbivores africains et des grands prédateurs tels que les Félidés. Les zébus sont d’origine africaine ainsi que les potamochères. Parmi les petits mammifères, on peut citer les insectivores appartenants à la famille des tenrecs (Tenrecidés).
Les petites musaraignes du genre Microgale et les tenrecs du riz (Oryzorictes) sont parmi les plus petits mammifères placentaires, et il faut remarquer qu’ils ont une reproduction assez particulière, avec un nombre de petits très élevé. En plus leur maturité sexuelle peut être effective parfois dès l’âge de 2-3 mois. Les espèces du genre Microgale et Oryzorictes vivent surtout dans les forêts de l’Est, où il s’alimentent de petits invertébrés terrestres ou de petits vertébrés. Les espèces plus grandes de la famille des Tenrecidés sont dotés d’épines et elles ressemblent aux hérissons européens, Cette similitude est surtout évidente avec Setifer setosus qui est pratiquement une “photocopie” du hérisson d’Europe, bien qu’ils appartiennent à des familles totalement différentes. Hemicentetes semispinosus, dénommée “tsora” est, quand à elle, une espèce partiellement diurne, et il est facile de l’observer dans les herbes aux alentours de Maroantsetra, au nord-est de Madagascar. Une espèce similaire, H. nigriceps, est par contre typique des massifs montagneux, tel que l’Andringitra.
En ce qui concerne les rongeurs, Madagascar possède des espèces intéressantes, qui appartiennent à la sous-famille des Nesomyinés. Quelques 20 espèces ont été recensées. Le plus connu des rongeurs malgaches est sans doute le rat sauteur, Hypogeomys antimena, qui a comme aire de distribution une petite parcelle de forêt sèche de l’Ouest, à proximité de la ville de Morondava.
Cet animal a la taille d’un lapin. D’après des hypothèses récentes, il semble que cette pauvreté d’espèces soit dûe à la présence des mammifères insectivores, qui auraient déjà occupé des niches écologiques similaires. Les autres espèces de rongeurs sont difficilement visibles. Le plus facile à être détecté est le rat rouge de forêt, Nesomys rufus, et les espèces arboricoles du genre Eliurus (8 espèces actuellement connues).
Il ne faut pas oublier les espèces introduites, telles que les rats Rattus rattus et R. norvegicus, qui à présent représentent un vrai problème pour la faune indigène, avec lesquelles elles sont en concurrence. Ou la petite souris des maisons, Mus musculus présente un peu partout dans l’île.
Les carnivores de Madagascar sont représentés par la famille des Viverridés et des Herpestidés. La plus grande espèce est le fosa, Cryptoprocta ferox, qui a une morphologie proche de celle des félins. C’est un prédateur de lémuriens ; il est très agile pour grimper dans les arbres. D’autres espèces de carnivores sont la Mangouste à queue annelée Galidia elegans, assez facile à observer dans différents types de forêts. Cette espèce se déplace en couple. D’autres espèces existent comme Galidictis fasciata, Salanoia concolor, et les espèces introduites par les Indo-Pakistannais Viverricula indica.
La mangouste Mungotictis decemlineata se rencontre seulement dans les aires sèches de l’Ouest. C’est un animal de couleur gris sable, avec des bandes sur les flancs. Enfin il ne faut pas oublier les chauves-souris avec deux groupes distincts : les chauves-souris frugivores (Megachiroptera) et les petites chauves-souris insectivores (Microchiroptera). Il y a trois espèces de Megachiroptera, dont la Roussette, Pteropus rufus qui est l’espèce la plus grande (jusqu’à 1,5 m d’envergure !) rencontrée dans les zones de basse altitude.